男性感染人类乳头瘤病毒的时间与他们的类型有关，不能一概而论。一些高风险类型有很短的时间转为阴性，大约需要6-8个月。严重病例可能在两年内完全转阴。
男性中存在两种主要的人乳头瘤病毒感染类型，高风险型和低风险型。包括人乳头瘤病毒6型和11型在内的低风险类型可导致生殖器疣，如尖锐湿疣，这些疣很容易通过性生活传播。高危型，即人乳头瘤病毒16型和人乳头瘤病毒18型，主要与肛门癌和口腔癌有关。目前还没有有效的药物治疗人乳头瘤病毒，它可以通过自身的免疫能力实现自我愈合。简单的人乳头瘤病毒感染可以在没有药物干预的情况下定期复查。如果外生殖器有病变，需要进行病理检查以确认诊断并采取相应的治疗。
此外，患者一生中应尽可能少保持性伴侣，性交时应使用避孕套，以在一定程度上避免人类乳头瘤病毒感染，并应禁止吸烟。