义和团的行为除了杀害无辜的外国人外、也直接造成许多无辜的中国人（数量远超过洋人及教民）受害，而且针对对象从光绪帝（所谓一龙）、李鸿章、奕匡（所谓二虎）、京官大臣（所谓十三羊，或谓三百羊，宣称京官除十八人外全应杀[4]）至洋人、教民、普通百姓（所谓十毛），无法无天，除屠杀外，也奸淫据掠[3][4]，其不人道处比八国联军更甚，不论以中外的传统道德观点来看、义和团的行为实属野蛮残暴。如据当时记载："城中日焚劫，火光连日夜……夙所不快者，即指为教民，全家皆尽，死者十数万人。其杀人则刀矛并下，肌体分裂，婴儿生未匝月者，亦杀之残酷无复人理"，"京师盛时，居人殆四百万。自拳匪暴军之乱，劫盗乘之，卤掠一空，无得免者。坊市萧条，狐狸昼出，向之摩肩击毂者，如行墟墓间矣。""义和团之杀教民毛子也，备诸酷虐，锉舂，烧磨，活埋，炮烹，支解，腰杀，殆难尽述。京西天主堂坟地，悉遭发掘，若利玛窦，庞迪我，汤若望，南怀仁诸名公遗骨，无一免者。胜代及本朝御碑，皆为椎碎。保定属有张登者，多教民，团匪得其妇女，则挖坑倒置，填土露其下体，以为笑乐。"
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台湾人（不分统独）及许多海外华人对义和团的评价极差，义和团已经成为迷信及暴力的象征，更成为骂人用语。义和团几乎是找无辜者泄愤，不但受害的外国人多属无辜，更有许多中国人直接受害，唐德刚将义和团与文化大革命的红卫兵、武斗相提并论。
值得注意的是：在2000年梵蒂冈"封圣"事件中（名单系由台湾教团推荐）[来源请求]，大多数被"封圣"的圣徒是义和团运动中的"殉道者"，但在中国方面看来则视其为帝国主义的帮凶，这也凸现了教廷方面与中国站在不同的立场上，得出了完全不同的结论。事后梵蒂冈教皇曾为封圣日与中共十一国庆撞期而道歉，但无意改变封圣的决定。