义和团和八国联军的交战场面1899年冬，山东肥城发生英国圣公会传教士卜克斯被杀案件，在西方各国连续抗议后，毓贤被清廷免职。新任巡抚袁世凯带领北洋新军在山东大力镇压义和团。毓贤离职后到北京觐见慈禧太后，向她提出招安义和团；之后获得调任山西巡抚（他在后来的任期内先后亲自下令诱杀、捕杀了超过150名传教士和他们的家眷，参见中华书局1983年版《中国近代史》）。戊戌政变后完全控制朝廷的慈禧，对西方反对她废黜光绪感到十分不满。
1900年1月，慈禧不顾西方外交人员的抗议，发布维护义和团的诏令。直隶总督裕禄于是由本来剿灭义和团，转变成扶助义和团。除了向团民发放饷银外，裕禄还邀请义和团的首领大师兄到天津开坛聚众。于是山东的拳民涌入直隶。由天津至涿州、保定都有拳民起坛请神、烧教堂、杀洋人、杀清军、并到处毁坏铁路及电线杆等洋物。涿州知府更被三万名拳民占据。慈禧派军机大臣协办大学士刚毅和顺天府尹赵舒翘到涿州调查。结果刚毅回京后，向慈禧报告"拳民忠贞，神术可用"。朝中庄亲王载勋、端郡王载漪、辅国公载澜亦主抚义和团，向洋人开战。
5月28日，英国全权公使窦纳乐（ClaudeMaxwellMacDonald有感使馆区有危险，要求泊在大沽附近的17艘外国战船增援。337名外国水手及陆战队员于5月31日登岸，乘火车于当晚抵京，防卫使馆区。另外89名德国及奥国陆战队员于6月3日抵京。
6月9日，慈禧调董福祥的武卫后军进城，驻扎在天坛和先农坛附近。董军中不少士兵参加了义和团。
6月10日，端郡王载漪出任总理各国事务衙门大臣。义和团拳民于同时开始大举入京。最多时北京的拳民超过十万。是日起，北京外国使馆对外通讯断绝。
6月11日，日本驻华使馆书记杉山彬被刚调入京的清兵甘军所杀，被开腹剖心。驻天津的各国领使组织二千人的联军，由英国的海军司令西摩尔(EdwardSeymour)带领，乘火车增援北京十一国公使馆。因为铁路被拳民破坏，西摩尔受阻于天津城外的杨村、廊坊一带，与清兵及义和团展开战斗不利，退回城中，致使第一次试图解除清兵和义和拳民对公使馆的围困失败。该战事被清政府及义和团认为是一次抗击外敌的重大胜利，并被命名为"廊坊大捷"。
6月13日，义和团进入内城，当天烧毁孝顺胡同亚斯立堂、双旗竿（今外交部街西口外）伦敦会、八面槽（王府井）天主教东堂、灯市口公理会、东四五条西口的美国福音堂、交道口二条长老会、鼓楼西鸦儿胡同长老会、西直门内天主教西堂、西四羊肉胡同基督教堂、石驸马桥安立甘会、宣武门内天主教南堂共11所教堂。有3200名天主教徒逃入（有42名法兵占据）天主教北堂，2000多名基督教徒逃入东交民巷的使馆区。拳民在北京放火烧掉教堂和一切与西洋有关的事物。
6月15日，军机处曾一度传旨，令在任两广总督的李鸿章，及山东巡抚袁世凯速入京。
6月16日，前门一带约千家(一说四千家)商铺因老德记西药房大火而被烧成废墟，正阳门楼、北京24家铸银厂也遭烧毁。拳民同时四处破坏教堂攻击教民，庄王府前大院被当成集体大屠杀的刑场。除了屠杀教民外，义和团更滥杀无辜，诬指许多市民(包括许多妇女小童)为白莲教而烧死戮死，如据当时目击者记载："乡民适趋市集，七十余人悉絷以来；伪饰优伶冠服儿童戏物，指为白莲教；下刑部一夕，未讯供，骈斩西市。有妇人宁家，亦陷其中，杂诛之，儿犹在抱也"；也有被公报私仇而杀者，如扶持义和团的庄亲王载勋、端郡王载漪的好友副都统神机营翼长庆恒一家大小十三口因被寻仇于七月初被全部杀害。而义和团民的不同派别也互相武斗残杀。义和团、京师禁军和甘军也肆意奸杀妇女，不计其数。除了屠杀奸淫外，义和团及清军也掳掠洗劫商户平民，并将赃物公开拍卖。当时的权贵之家也不能幸免，如吏部尚书孙家鼐、大学士徐桐的家都被抢掠，徐桐(时年八十)更被义和团民拖出批斗。是日慈禧召开御前会议后，一度发出勒令解散拳民的上谕。
6月17日联军攻占大沽口炮台。慈禧收到此消息的同时，得到虚假情报，以为外国的要求她归政于光绪。慈禧态度作出一百八十度转变，转为支持义和团及向洋人开战。命刚毅、载漪、载勋、载濂、载澜统领义和团，载勋任步军统领九门提督。
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