婴儿吃益生菌的最佳时间是在早上。建议在早餐前或同一餐中服用。

早上空腹时，胃酸较低，有利于益生菌顺利到达肠道定植，有助于恢复消化功能，建立正常肠道菌群。虽然益生菌不是药物，但补充益生菌可以治疗婴儿腹泻，包括消化不良、肠炎、痢疾等。正常婴儿可能不补充益生菌，长期补充可能导致肠道功能障碍。益生菌的最适生长温度为37℃，因此饮用水温度应低于40℃。否则，低水温或高水温会导致益生菌存活率低，无法达到预期效果。每个婴儿的体质都有个体差异。使用益生菌时，建议在医生的指导下补充所需的益生菌。

此外，益生菌需要冷藏。如果同时使用抗生素，一般建议服用益生菌的时间应与服用抗生素的时间相隔2小时。