微生物(Microorganism, microbe)一词并不是生物学上的专业专有名词，只是指很多的、极为多种多样的、不依靠光学显微镜看不到的细微生物种群的统称。因而，微生物一般包含病毒、细菌、真菌、原生动物和某些藻类，他们的大小和特点从图上能够看得出。

可是一些除外。如很多真菌子实体、菌类等常人眼由此可见;同样的，一些藻类能生长发育多少米长。一般来说，微生物能够 觉得是非常简易的生物，大部分的病菌、原生动物、一些藻类和真菌是单细胞的微生物，即便为多细胞的微生物，都没有很多的细胞种类。病毒感染乃至沒有细胞，仅有蛋白质外壳包围着着的遗传信息，且不可以独立生活。

微生物在生物分类中的地位

在微生物发展趋势的在历史上，曾把全部的生物分为动物界和植物界两类。而微生物菌种，不但型体细微、构造简易，并且他们正中间一些类型像动物，一些类型像植物，还一些类型具有动物的一些特点，又具备植物的一些特点，因此归入动物或植物都不适合。因此，1866年海克尔(Haeckel)明确提出区别动物界与植物界的第三界——原生生物界。它包含藻类植物、原生态动物、真菌和细菌。