鸵鸟的飞行器官不同于其他鸟类，这是它不能飞行的另一个原因。鸟类的飞行器官主要包括翅膀和前肢的羽毛。真正具有飞行功能的羽毛是飞羽和尾羽。飞羽长在翅膀上，尾羽长在尾巴上。这种羽毛由许多细长的羽枝组成。每根羽毛枝上都密密麻麻地覆盖着成排的羽毛枝。羽毛小枝被钩在一起形成羽毛。羽毛拍打着空气，使鸟儿飞了起来。出生在尾部的尾羽也可以通过羽钩连接成羽片，在飞行中起到方向舵的作用。
为了维持鸟类飞行器官的正常功能，它们也有皮脂腺，分泌油脂来保护羽毛不变形。会飞的鸟也非常注重它们的羽毛在身体表面的生长方式。通常，它们被分为羽毛区域和裸露区域，即身体表面的一些区域覆盖有羽毛，而一些区域没有覆盖羽毛。这种顺桨方式有利于有力的飞行动作。鸵鸟的羽毛既没有飞羽，也没有无尾羽，也没有羽毛维护者——皮脂腺。羽毛均匀地分布在整个身体的表面。羽毛区和裸露区没有区别。它的飞行器官高度退化，不可能飞行。
那么为什么鸵鸟的飞行器官会退化呢？这从鸟类的起源开始。据估计，大约在2亿年前，一种古老的爬行动物进化成了一种鸟，至于哪种爬行动物是鸟的祖先，还没有明确的结论。随着鸟类家族的繁荣和从水生栖息地向陆生栖息地的逐渐转变，鸟类在适应陆地上多变的环境的同时，也经历了适应不同生活方式的变化，有水鸟如企鹅、涉水鸟如丹顶鹤、游禽如野鸭、陆生鸟如斑鸠、猛禽如猫头鹰、登山鸟如布谷鸟、鸣鸟如喜鹊等生态类型，而鸵鸟则是步行鸟的代表，是众多生态类型中的另一种类型。长时间生活在广阔的沙漠中会使它的翅膀和尾巴退化，但它的后腿发达有力，适合在沙漠中奔跑。
自然法则是无情的，只能适应，但不能抵抗。如果鸵鸟的老祖先熬夜飞越空旷的沙漠，而不是在沙漠中寻找食物，它们早就灭绝了。退一步说，如果大自然首先把鸵鸟的祖先安置在树林里，而不是沙漠里，鸵鸟可能不会变成不会飞的鸟，但也许它们不会被称为鸵鸟。