1954年11月11日，日本生态学家森喜朗将一群果蝇放在黑暗的环境中生存，开启了进化生物学中最长的实验之一。61年后，这些果蝇已经繁殖了1500代。与普通果蝇相比，研究人员现在已经发现了这些果蝇的几十种变异。也许正是这些变异帮助果蝇的后代在黑暗环境中生存。

黑色果蝇的外表看起来和普通果蝇一样，除了作为感觉器官的黑色果蝇头部的毛发更长。与普通果蝇相比，它们似乎嗅觉更灵敏，在黑暗中寻找配偶的能力更强。京都大学的遗传学家Naoyuki Fuse说，尽管黑果蝇一直生活在黑暗的环境中，但它们仍然保持着昼夜节律。森在2007年去世后，智之保险丝接管了他的黑果蝇研究项目。

2012年，Fuse和他的同事对黑色果蝇的基因组进行了测序，并在它们的DNA中发现了220，000个不同的位置，这些位置来自普通果蝇。这些黑色果蝇也有数千个更大的插入或缺失的DNA片段。(森也将另一组果蝇置于正常光照下作为对照组，但是对照组由于培养箱的损坏而消失。)

为了确定哪些遗传变异有助于果蝇适应黑暗环境，Fuse的团队将黑腹果蝇与普通果蝇杂交，并使用基因组测序来观察49代杂交果蝇的进化。他们得出结论，如果杂交果蝇已经在黑暗中繁殖了许多代，随着时间的推移，帮助杂交果蝇适应黑暗环境的遗传变异将变得越来越突出。

超级嗅探器

Fuse的团队列出了84个候选基因，其中许多与嗅觉和环境中的化学物质有关，还有一些与信息素的产生有关。该结果发表在《基因基因组遗传学》杂志上。研究作者推测，这些基因的变异使果蝇能够更好地检测信息素，这也可以解释它们在黑暗中寻找配偶的能力增强。Fuse希望利用基因编辑技术将黑果蝇的突变基因插入正常果蝇，以检验这一假设的正确性。

密歇根州立大学的进化生物学家理查德·连斯基说:“这是一项非常有趣的研究。”他的团队从1988年开始培养埃希氏菌，现在已经培养了50，000多代。他的团队追踪了这些细菌如何适应新的食物来源，并且每隔几个月就冷冻研究样本。

加州大学的遗传学家列昂尼德·克鲁格利克说:“我认为这种长期进化系统非常有趣。世界上没有多少研究。”这项研究可能会检测到帮助果蝇适应黑暗的基因，但Fuse团队检测到的突变也可能会因基因漂移而非自然选择而改变频率。

Fuse说黑果蝇项目是一项重要的科学遗产。然而，由于他在京都大学的职位并不固定，他不确定该项目的未来在哪里。