在开始服用益生菌的1-4周内，益生菌会和肠道内已经存在的有害菌及中性菌展开竞争，包括竞争营养、竞争生存空间、竞争能在肠道壁上附着的位置。这也是细菌们在肠道里战争的惨烈阶段，赫氏消亡反应也会发生在这一阶段。有害菌死亡时会释放大量毒素和其它代谢产物，抑制益生菌生长及对人体造成不适，益生菌也会释放大量细菌素(bacteriocin)和各种有机酸来消灭有害菌。双方的死亡量都较大。
②服用益生菌4—8周优势期
由于坚持服用益生菌，这相当于在战争中不断补充援军，在4-8周这个阶段，益生菌会逐渐占领上风，这时肠道内的有害菌数量已经低于益生菌，有害菌释放毒素和其它代谢产物的量也被大大减低，同时外来的益生菌也会帮助体内原有的有益菌生长起来，和体内原有的有益菌进行协同作用，维护肠道健康。所以这个时候人体会开始感受到病症的改善。
③服用益生菌8—12周巩固期
坚持服用益生菌，益生菌和体内原有有益菌一起协同作用，在肠道内的比例越来越高，有害菌的比例越来越低。人体对病症的改善的感觉也可能越来越明显，但这时决不能掉以轻心，因为有害菌的生存力也是极其顽强的。研究显示，大部分肠道有害菌都有较强的耐酸碱性，耐胆汁和酶解的特性。
④服用益生菌12周以上稳定期
当益生菌在体内占有足够优势后，各种益生菌带来的正面效果才会逐渐体现出来。为了巩固这一效果，防止体内的有害菌(有害菌很难被完全杀死，多数处于休眠状态)卷土重来，健康专家建议在服用过12周的益生菌之后，可以将益生菌摄入量减到一半(其实不减半对身体不可能有坏处，只是要花更多的钱了)，用来巩固益生菌的效果，一直坚持到半年，然后可停用。对大多数人来讲，停用后，这一最优化的效果可以维持一段时间，大约半年到一年。但由于生活、饮食习惯等各种原因，现代城市人的生活方式较容易使肠道菌群不能到达最佳状态，就需要阶段性的补充益生菌。
益生菌能抗衰老吗
益生菌对减缓机体衰老的作用表现为两点：
一是益生菌可以增加人体血液中超氧化物歧化酶(SOD)的活性，而SOD能清除氧自由基的毒性作用，对延缓衰老至关重要;
二是益生菌在肠道内可以抑制腐败细菌的生长，减少腐败细菌产生的致癌物质和其他毒性物质，是人体的衰老过程变得缓慢。因此补充益生菌，可以让肠道恢复年轻，减缓机体衰老过程。
肠道是我们人体最重要的免疫器官。但肠道功能会随着年龄增长而逐渐老化，但对于饮食习惯不良的人来说，可能是肠道老化速度高于人体衰老速度，借用一句耳熟能详的广告语：三十岁的人，四十岁的肠道。肠道老化原因主要是由于高蛋白、高脂肪、低膳食纤维的饮食让体内的有益菌群因碳水化合物和纤维的减少而得不到养料，而蛋白和脂肪又是腐败菌最好的营养，腐败菌分解蛋白和脂肪后会产生大量的有害物质，肠道的老化其实就是肠道环境的恶劣而导致的。