支付宝以代理人名义申请商家认证的操作流程如下：

1、打开www.alipay.com，登录支付宝账户，点击【立即点此申请】。

2、点击【立即申请】。

3、在代理人一列，点击【立即申请】。

4、填写企业基本信息，上传营业执照图片，商家认证公司名称一栏不支持填写中间的“•”。

5、填写对公银行账户信息。

6、填写法人信息，上传法人证件图片。

7、填写代理人信息，上传代理人身份证图片。(温馨提示：手机号码仅支持11位数字，且以13/14/15/18开头)

8、等待证件(审核营业执照、代理人身份证图片、法人证件图片，时间为2天)。

9、审核成功，等待银行卡给公司对公银行账户打款。

10、确认银行打款金额。

11、认证成功。

温馨提示：

1、若代理人身份信息未通过审核，可以重新输入代理人信息或者提交证件人工审核。

2、重新输入代理人身份信息页面。

3、提交证件人工审核页面。