移动硬盘一般多采用磁盘作为存储介质，与机械硬盘相同（部分移动硬盘会采用闪存作为存储介质）。
而U盘则通常采用闪存作为存储介质，与固态硬盘相似。
在正常使用情况下，机械式的移动硬盘寿命会比U盘更长，大容量的固态移动硬盘在稳定性上较U盘更强。相比机械式移动硬盘，固态移动硬盘和U盘的防震、抗摔能力更强。但无论是固态移动硬盘还是U盘，存储介质一旦出现损坏，数据基本不可能恢复，而机械式移动硬盘数据恢复能力稍强。
如果所需存储的数据量非常大并且对安全性要求高，建议使用机械式移动硬盘。如果只是日常少量的数据转移传输，使用U盘相对更加便携。