1、房价不同：商品房价格较高，但商品房可立即上市，且在银行做抵押进行贷款。而回迁房享受国家政策的优惠，不含土地转让金，价格相对低廉，且有小产权之说，无法直接上市交易。拆迁人以回迁房补偿被拆迁人的，补偿房屋由市政府有关主管部门参照经济适用住房政策核定价格，并按照经济适用住房政策管理。

2、买卖双方的关系不同：商品房的购买基础是开发商和购房者签订的《商品房买卖合同》，房屋的价款在合同中进行约定。而回迁房的购买基础是拆迁单位和被拆迁人签订的拆迁补偿协议，在协议中进行约定。