病菌以厚垣孢子附在种子外表或混入粪肥、土壤中越冬或越夏。当种子发芽时，厚垣孢子也随即萌发，厚垣孢子先产生先菌丝，其顶端生6—8个线状担孢子，不同性别担孢子在先菌丝上呈“H”状结合，然后萌发为较细的双核侵染线。从芽鞘侵入麦苗并到达生长点，后以菌丝体形态随小麦而发育，到孕穗期，侵入子房，破坏花器，抽穗时在麦粒内形成菌瘿即病原菌的厚垣孢子，那黑穗病的防治方法有哪些呢？适时播种和提高播种质量 播种过早、土壤干旱、整地质量差以及覆土过厚都会延长出苗时间，增加侵染机会，使病情加重。因此，一般应在保证成熟的情况下尽量晚播，播前墒情适宜，整地精细，覆土深度适宜，以保证早出苗、出壮苗，缩短幼芽被侵染时间，减轻病害发生，那么怎样防治小麦腥黑穗病呢？
1、种子处理
常年发病较重地区用2%立克秀拌种剂10—15g，加少量水调成糊状液体与10kg麦种混匀，晾干后播种。也可用种子重量0.15%—0.2%的20%三唑酮(粉锈宁)或0.1%—0.15%的15%三唑醇(百坦、羟锈宁)、0.2%的40%福美双、0.2%的40%拌种双、0.2%的50%多菌灵、0.2%的70%甲基硫菌灵(甲基托布津)、0.2%—0.3%的20%萎锈灵等药剂拌种和闷种，都有较好的防治效果，
2、提倡施用酵素菌沤制的堆肥或施用腐熟的有机肥
对带菌粪肥加入油粕(豆饼、花生饼、芝麻饼等)或青草保持湿润，腐熟一个月后再施到地里，或与种子隔离施用。(3)农业防治春麦不宜种过早，冬麦不宜播种过迟。播种不宜过深。播种时施用硫铵等速效化肥做种肥，可促进幼苗早出土，减少侵染机会。冬麦提倡在秋季播种时，基施长效碳铵1次，可满足整个生长季节需要，减少发病。