当外来物种成功入侵当地环境以后，通过各种人为的干预是可以控制的，但是控制其蔓延的治理费用也是相当昂贵的。在英国，为了控制12种最具危险性的外来入侵物种，在1989～1992年，光除草剂就花费了3.44亿美元，而美国每年为控制“凤眼莲”的繁殖蔓延就要花掉300万美元，同样，我国每年因打捞水葫芦的费用就多达5～10亿元，由于水葫芦造成的直接经济损失也接近100亿元。
生物入侵的控制方法主要包括人工防治、机械去除、替代控制、生物防治等方法。
1.人工防治
依靠人力，捕捉外来害虫或拔除外来植物。人工防治适宜于那些刚刚传入、定居，还没有大面积扩散的入侵物种。
2.机械去除
利用专门设计制造的机械设备防治有害植物。机械防除有害植物对环境安全，短时间内也可迅速杀灭一定范围内的外来植物。通过物理学的各种途径防治也可控制外来有害生物，如用火烧控制有害植物，黑光灯诱捕有害昆虫，等等。
3.替代控制
替代控制主要针对外来植物，是一种生态控制方法，其核心是根据植物群落演替的自身规律用有经济或生态价值的本地植物取代外来入侵植物。
4.生物防治
生物防治是指从外来有害生物的原产地引进食性专一的天敌将有害生物的种群密度控制在生态和经济危害水平之下，类似于生态系统的自我调节。
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