农田施用的任何种类和形态的化肥，都不可能全部被植物吸收利用。化肥利用率，氮为30-60%，磷为2-25%，钾为30-60%。未被植物及时利用的氮化合物，若以不能被土壤胶体吸附的NH4-N的形式存在，就会随下渗的土壤水转移至根系密集层以下而造成污染。可导致河川、湖泊和内海的富营养化;土壤受到污染，物理性质恶化;食品、饲料和饮用水中有毒成分增加。为防止污染环境，应对使用的化学肥料进行控制和管理。
长期大量的使用化肥会引起土壤污染的现象
长期过量而单纯施用化学肥料，会使土壤酸化。土壤酸化后会导致有毒物质的释放，或使有毒物质毒性增强，对生物体产生不良影响。土壤酸化还能溶解土壤中的一些营养物质，在降雨和灌溉的作用下，向下渗透补给地下水，使得营养成分流失，造成土壤贫瘠化，影响作物的生长。
土壤溶液中和土壤微团上有机、无机复合体的铵离子量增加，并代换Ca2+、Mg2+等，使土壤胶体分散，土壤结构破坏，土地板结，并直接影响农业生产成本和作物的产量和质量。
化肥中会混有一些重金属元素或有毒物质。例如磷肥的生产原料为磷矿石，它含有大量有害元素F和As，同时磷矿石的加工过程还会带进其它重金属Cd、Cr、Hg、As、F，特别是Cd。另外，利用废酸生产的磷肥中还会带有三氯乙醛，对作物造成毒害。
今天小编对化肥会污染土壤吗进行了简单的介绍，对于更多的土壤污染安全小知识还请关注，希望对您能有所帮助。