福建省生态环境状况总体良好，但是农业土壤污尚未得到有效控制，农业土壤污染主要表现在工矿企业"三废"排放和农业生产中产生的重金属污染及有机污染。污染物在土壤中的滞留时间长，影响土壤生化活性，进而影响作物生长，甚至可能通过作物积累再通过食物链传递给人，产生食品安全问题。
福建省耕地土壤存在着不同程度的重金属污染，且具有复合污染的特点，其中，龙岩市重金属污染最为严重，这可能和龙岩市矿产企业较多有直接关系。对福建省重金属污染分布状况的调查结果发现，全省各地铅污染较为普遍，福州污染土样比率最大;镉污染主要在闽东南一带，也以福州点比率最大;汞含量超标的土样比率最大，尤以莆田菜地最为严重，其中莆田市荔城区轻、中和重度污染耕地分别占13.26%，0.13%和0.89%;漳州市农业土壤以农业污染为主，土壤中汞，砷，镉，铅含量高于背景值1~4倍(cr除外)，尤其是汞和砷为高污染元素。另据报道，漳州市耕地土样中单项污染指数，汞、砷、镉、铬、铅超过1的分别占到12.63%，8.42%，4.21%，7.53%，13.98%，污染等级处于警戒限水平，轻污染水平，重污染水平的耕地土壤分别占14.6%，15.6%，8.3%。2005年福建省主要蔬菜基地土壤重金属污染状况调查表明，土壤重金属含量超标污染因子依次为汞、铬、铅，有14个调查土壤样品超标，不合格率为26.4%。以上表明，福建省不论是耕地还是菜地都存在不同程度的重金属污染，部分地区存在重度污染，而一些地区的污染程度较全国低，但是潜在的危害依然很大。
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