钴在地壳中的平均丰度为20ppm，花岗岩中平均含量为1ppm，玄武岩中为35ppm，页岩中为19ppm，石灰岩中为0.1ppm，砂岩中为0.3ppm。常见矿物为砷钴矿和辉钴矿，并与镍、锌、铜、铅等共存。钴的全球每年自然循环量，岩石风化为80000吨，河流输送至海洋为7400吨。钴的每年开采量为22700吨，小于自然循环量。
钴会形成土壤污染，对环境产生危害。钴曾用作啤酒的起泡剂，大量饮用啤酒的人可引起钴中毒事件。人每当摄入钴超过500毫克就会中毒。钴在土壤溶液中浓度为10毫克/升时，可使农作物死亡。土壤中含钴量为0.05～65ppm，中值为8ppm。岩石风化为土壤，钴的浓度变化不大，如含钴为59ppm的玄武岩风化后含钴为81ppm，略有富集。实验表明：钴在土壤溶液中浓度为0.1～0.27毫克/升、1毫克/升、5.9毫克/升时，分别对西红柿、亚麻、甜菜有毒害作用。钴浓度为10毫克/升时，可使农作物死亡。美国规定灌溉用水钴的最大容许浓度为0.2毫克/升。苏联提出生活供水水源中钴的最大浓度为1毫克/升，渔业用水为0.01毫克/升。燃烧煤或者石油会形成钴的大气污染，每公斤煤中的钴含量为1～90毫克，平均每公斤4毫克，每公斤石油中仅为0.05毫克。1975年全世界因燃烧煤和石油而向大气排放的钴约11000吨。
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