微生物一般是全部无法用人眼立即见到或看不清的一切细微生物的统称，包含细菌、真菌、放线菌、原生动物、藻类等有细胞结构的微生物，及其病毒、支原体、衣原体等无完整细胞结构的生物。
有很多食品类(如酱油、醋、鸡精、酒、酸牛奶、乳酪、菌类)、工业用品(如皮革制品、纺织品、石油化工)、药物(如抗菌素、预苗、维他命、绿色生态化肥)是取决于微生物生产制造的;微生物在矿产资源检测与采掘、废弃物处理(如水处理、沼液发醇)等各种各样行业中也充分发挥关键功效。微生物是大自然唯一认知能力的固氮者(如黄豆根瘤菌)与动物与植物残体溶解者(如甲基纤维素的溶解)，另外坐落于普遍生物链的首末两边，进而进行碳、氮、硫、磷等生物质在大循环系统中的对接。若沒有微生物，诸多生物就丧失必不可少的营养成分来源于、绿色植物的化学纤维质残体就没法溶解而无尽沉积，就沒有大自然当今的兴盛与纪律或人们的造成与维续。
大部分微生物对身体是没害的。事实上，身体的外表面(如肌肤)和内表面(如肠胃)日常生活着许多一切正常、有利的有益菌。他们占有这种表面并造成纯天然的抗菌素，抑止危害菌的下落与生长发育;他们也帮助消化吸收或亲身生产制造一些身体必不可少的营养元素，如维他命和碳水化合物。这种有益菌的失衡(如抗生素滥用)能够 造成感柒产生或营养成分缺少。殊不知另一方面，人们与动物与植物的病症也是有许多是由微生物造成，这种微生物称为病源微生物(pathogenic microorganism)或病原(pathogen)。