APEC共有5个层次的运作机制：

1、领导人非正式会议

1993年11月，首次APEC领导人非正式会议在美国西雅图召开，之后每年召开一次。自1993年来共举行了21次，分别在美国西雅图、印尼茂物、日本大阪、菲律宾苏比克、加拿大温哥华、马来西亚吉隆坡、新西兰奥克兰、文莱斯里巴加湾、中国上海、墨西哥洛斯卡沃斯、泰国曼谷、智利圣地亚哥、韩国釜山、越南河内、澳大利亚悉尼、秘鲁利马、新加坡、日本横滨、美国夏威夷、俄罗斯符拉迪沃斯托克、印尼巴厘岛举行。

2、部长级会议

包括双部长会议以及专业部长会议。双部长会议每年在领导人会议前举行一次。专业部长会议定期或不定期举行，包括贸易部长会、财长会、中小企业部长会、能源部长会、海洋部长会、矿业部长会、电信部长会、旅游部长会、粮食安全部长会、林业部长会等。

3、高官会

每年举行3至4次会议，由各成员指定的高官（一般为副部级或司局级官员）组成。高官会的主要任务是负责执行领导人和部长会议的决定，审议各委员会、工作组和秘书处的活动，筹备部长级会议、领导人非正式会议及协调实施会议后续行动等事宜。

4、委员会和工作组

高官会下设4个委员会，即：贸易和投资委员会（CTI），经济委员会（EC），经济技术合作高官指导委员会（SCE）和预算管理委员会（BMC）。CTI负责贸易和投资自由化方面高官会交办的工作，EC负责研究本地区经济发展趋势和问题，并协调经济结构改革工作。SCE负责指导和协调经济技术合作，BMC负责预算和行政管理等方面的问题。各委员会下设多个工作组、专家小组和分委会等机制，从事专业活动和合作。

5、秘书处

1993年1月在新加坡设立，为APEC各层次的活动提供支持与服务。秘书处负责人为执行主任，2010年起设固定任期，任期三年。现任执行主任为波拉德博士。