微生物菌种沒有专业的进食人体器官，各种各样营养物质立即根据细胞质的渗入和可选择性消化吸收进到体细胞。营养物质从微生物所处的周边环境根据细胞质进入体细胞的方式，可分成四种种类，即简单扩散、推动扩散、积极运输和官能团转位。

1.简单扩散

是一种更为简易的营养物质消化吸收进到体细胞的方式。在简单扩散中，营养物质在扩散根据细胞质的全过程中不耗费动能，都不产生化学反应。物质扩散的驱动力是物质在膜內外的浓度值差;根据细胞质中的含水量小圆孔由浓度较高的的胞外自然环境向较低浓度的的胞内扩散，这类扩散是非特异性的;但膜上小圆孔的尺寸和样子对被渗入扩散的营养物质的分子大小有一定的可选择性。

简单扩散并不是微生物菌种消化吸收营养物质的关键方式，以这类方式运输的物质主要是一些相对分子质量小与脂溶性的物质。似水、一些汽体(如氧)、凡士林和一些正离子，如大肠埃希菌以简单扩散方式消化吸收钾离子等。

2.推动扩散

营养物质经推动扩散进到体细胞的运输全过程中，必须依靠坐落于膜上的一种载体蛋白的参加，而且每个载体蛋白只运输相对的物质。因而，推动扩散对被运输的物质具备高宽比专一性，被传输的物质先在细胞质外边与载体蛋白融合，随后在体细胞内表层释放出来。载体蛋白能推动物质运输加速开展，但营养物质仍不可以逆浓度梯度消化吸收。推动扩散的运输方式常见于真核微生物菌种，比如酵母，一些物质的消化吸收和新陈代谢物质的代谢是根据这类方式进行的。

3.主动运输

需耗费动能，且可逆浓度梯度运输，是一种普遍存有于微生物菌种中的关键物质运输方式。与所述推动扩散方式不一样，在积极运输中，媒介分子构型转变以耗费动能为前提条件。微生物菌种在生长发育与繁育全过程中所必须的大部分营养物质如碳水化合物等主要是根据此方式运输的。

4.基团移位

一种既必须载体蛋白又必须耗费动能的物质运输方式。与积极运输方式不一样的是它有一个繁杂的运输辅因子来进行物质的运输，另外底物在运输全过程中产生化学结构转变。这类运输方式关键存有于厌氧发酵病菌和兼性厌氧病菌中，关键用以糖的运输及其油酸、核苷、碱基等物质的运输。