继列文虎克发觉微生物全球之后的200年间，微生物学的研究大部分滞留在形状叙述和分类整理的环节。直至十九世纪中后期，以荷兰的巴斯德和法国的科赫为意味着的生物学家才将微生物的研究从形状叙述推动到生理研究环节，揭秘了微生物是导致腐败问题发醇和人和动物病症的缘故，并创建了分离出来、塑造、打疫苗和杀菌等一系列与众不同的微生物技术性，进而确立了微生物学的基本，开拓了医药学和工业生产微生物等支系学科。
来到20世纪40年代，伴随着生物学的发展，很多生物学解决不了的基础理论和技术性难题十分突显，非常是细胞生物学上的争执难题，促使微生物那样一种简易而又具详细生命活动的小微生物变成生命学研究的“大牌明星”，微生物学迅速与分子生物学流行汇聚，并被推来到全部生命科学发展的最前沿，得到了快速的发展。二十世纪50年代，微生物学全方位进到分子结构研究水准，并进一步与快速发展起來的生物学基础理论和技术性及其别的学科汇合，使微生物发展变成生命科学行业内一门发展更快、危害较大、反映生命科学发展流行的最前沿学科。八十年代初，在基因工程技术的推动下，传统式的微生物发醇工业生产已从各个方面发生了质的转变，变成当代生物科技的关键主城区一部分。
二十一世纪的微生物学将更为五彩缤纷。多学科的交叉式、基因研究的深层次和拓展将使微生物学的基本研究以及运用出現史无前例的局势。