微生物是形态微小、结构简易、务必依靠显微镜或透射电镜才可以见到的细微微生物。有一定的形态结构、生理特性和作用，在适合的自然环境中快速生长发育和繁育。“微生物”一词不是分类学上的名词，只体现形态学的定义。微生物在大自然中普遍布，河流、湖水、深海、土壤层、气体、矿层等均有存有，尤以土壤层中数最多，1g土壤层中会有上亿至几十亿个微生物。在人和动、绿色植物的表皮及人和小动物的呼吸系统、消化系统均有多种多样微生物存活。绝大部分微生物对人和动、绿色植物是有利和必不可少的，仅有一小部分能够造成人或动、绿色植物的病害。
依据形态结构和生理特性不一样，可分成三大类：①非体细胞型微生物。形态不大，能根据病菌滤过器，无体细胞结构，只有在体细胞内生长发育繁衍，如病毒感染。②原核细胞型微生物。仅有初始核，无核仁和核膜，欠缺详细的细胞结构，体细胞浆内具备一定结构和生理作用的小人体器官，如膜蛋白、戈尔吉氏体和溶酶体等。如病菌、立克次氏体、支原体、菌原生质、球菌和放线菌。③真核细胞型微生物。细胞质分裂程度高，有核仁、性染色体和核膜，胞浆内有详细的细胞结构。如一部分细菌。病毒感染、病菌、细菌等微生物，又可依据他们的形态、结构、生理特点、新陈代谢物质等开展归类。