生物有机肥通称“菌肥”，是以微生物的生命活动造成农作物获得特殊化肥效用的一种产品。它运用微生物的生命活动及新陈代谢物质，改进农作物营养物质供货，为粮食作物出示微量元素、生长发育化学物质，做到管控生长发育、提高抗旱性，做到提高效益、改进质量、降低有机肥应用、提升土壤有机质的目地。根据菌肥中微生物的生命活动，改进农作物营养成分标准，如固定不动空气中的营养物，参加营养物质的转换，推动农作物对营养物质的消化吸收;代谢各种各样生长激素刺激性农作物根茎生长发育，抑止危害微生物的主题活动等。在蔬菜水果上运用，能防止蔬菜水果死棵，缓解病虫害，改进土壤层、消除盐害等特殊功效，而备受农民热烈欢迎。
微生物肥料的类型
(1)微生物菌剂。指总体目标微生物(合理菌)历经工业生产扩繁后生产加工做成的活菌中药制剂，它具备立即或问接改进土壤层、修复耕地，保持根际微生物两栖纲均衡，溶解有害、有害物等功效;运用于农业，根据在其中所含微生物的生命活动，提升绿色植物营养物质的供给量或推动植物的生长、改进农业产品质量及农牧业生态环境保护。微生物菌剂按含有的微生物类型或作用特点可分成根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、铝硅酸盐微生物菌剂、光合菌菌剂、有机化合物料沤肥剂、促生菌剂、菌根菌剂、微生物修补菌剂等。
(2)复合型微生物肥料。指特殊微生物与营养元素复合型而成，能出示、维持或改进植物营养，提升农业产品生产量或改进农业产品质量的活物微生物产品。
微生物菌剂里边单纯性的便是活菌中药制剂，里边沒有别的营养元素(N P2O5 K2O，中营养元素，微生物菌体蛋白质，土壤有机质，活性碳，活性钙，腐植酸等)，它是微生物菌剂于微生物肥料的最显著的差别。微生物菌剂里边的菌苗纯净度高，合理活菌数成分≥50亿/克。微生物肥料一般是合理活菌数≥两千万/克。
(3)生物有机肥。指特殊作用微生物与关键以动物与植物残体(如禽畜排泄物、粮食作物秸杆等)为原材料并经无害化、沤肥的有机化合物料复合型而成的一类兼顾微生物肥料和有机肥料效用的化肥。充分发挥了生物菌“解”的功效，自身又供货了各种各样营养成分，是生物菌运用上的一大发展。
微生物肥料可用以拌种、泡种、蘸根，作底肥、施肥，沟施或穴施。在蔬菜水果上应用微生物肥料，关键总体目标是预防根处病虫害。如凋谢、黄萎、立枯、疫霉根腐、腐霉根腐等。特性是处理蔬菜水果死棵难题，除用溴甲烷等解决土壤层，用杀菌剂早做防止外，应用微生物肥料是防止根处病虫害最理想化的新方式 之一。现阶段在中国蔬菜水果上运用的微生物肥料类型多种多样，实际效果各不相同。如“朱氏山东大学”生物有机肥等。