方程最开始出現在我国古代的数学著作《九章算术》中。书里叙述的“方程”事实上是如今大家常说的一次方程组，方程组由好多个方程相互构成，它的解是这好多个方程的公共性解。
我国古代数学家刘徽在《九章算术》的注解中讲到：“程，课程内容也。二物者二程，三物者三程，皆如物数程之，并列入行，故此谓方程。”“如物数程之”就是指几个未知量就务必列举好多个等式。一次方程组各未知量的指数用算筹表明时相近矩阵，因此 称为方程。
宋元时期，中国数学家开创了“天元术”，用中天表明未知量从而创建方程。这类方式 的经典作品是一位数学家李治写的《测圆海镜》，书里写到的“立中天一”等同于如今的“设未知量”（x）。
在较长阶段内，方程沒有专业的表达方式，只是应用一般的规范字开展描述。17世纪，法国数学家笛卡尔最开始明确提出用x，y，z来表明未知量，把这种英文字母与一般数据一样对待，用运算符号和百分号将英文字母与数据相互连接，就产生了含有未知量的等式。之后，历经不断简单化改善，方程慢慢转变成如今的表达方式。
清朝一位数学家 李善兰
1859年，我国清朝一位数学家李善兰汉语翻译国外数学著作时，将equation（指含有未知量的等式）一词汉语翻译为“方程”，将要含有未知量的一个等式称之为方程，而将含有未知量的好几个等式的组成称之为方程组。
伴随着数学课的科学研究范畴持续扩大，方程被广泛应用，它的功效也愈来愈关键。从初等数学中的简易解析几何方程，到高数中的求微分方程、積分方程，方程的种类由简易到繁杂不断发展趋势。
可是，不管种类怎样转变，各种方程全是含有未知量的等式，都表述涉及到未知量的等量关系，解方程的基础观念全是根据等量关系，使未知量逐渐化归为用已知数表述的方式，这更是方程的实质所属。