胃肠功能障碍的持续时间与疾病的原因密切相关，如反复发作可能永远存在。

胃肠功能障碍，又称胃肠神经官能症，主要由饮食因素引起，如不规律饮食和刺激性饮食，导致胃肠蠕动功能障碍，经积极治疗后可在1-2天内治愈。一些消化性溃疡、慢性胃炎和急性及慢性肠道炎症，如果不进行原发性疾病治疗，可导致胃肠功能障碍的反复发作。精神因素也是胃肠功能障碍的原因，如压力、焦虑、抑郁等。可导致下丘脑功能障碍，从而影响胃肠功能并导致胃肠功能障碍。如果病因不能有效消除，它也可能一直存在。

建议胃肠功能障碍患者应首先调整饮食结构，避免进食导致胃肠功能障碍的食物。其次，要保持良好的情绪和作息规律。如有必要，可以服用镇静剂。对于消化道症状，可给予抑制胃酸、保护胃粘膜、解除痉挛和疼痛、促进消化等药物。