1839年1月29日，达尔文30岁生日前夕，艾玛和达尔文结婚了。婚后，他们在伦敦租了一栋房子住下。这是一所普通的小房子。他们过着甜蜜和平的生活。达尔文日夜在办公桌前写科学著作。艾玛小心翼翼地做家务，这样他就不用担心日常的食物和衣服。不仅如此，艾玛还是一名聪明的科学顾问和助手。她对达尔文的作品和论文提出意见，帮助他复印手稿，校对出版社送来的校样。
查尔斯·罗伯特·达尔文(网络图)
和谐的生活、亲密的默契和辛勤的工作产生了丰硕的成果。在他所有的科学活动中，他最珍惜的是他最有创造性的研究工作——探索物种起源的秘密。自1839年初以来，他已经形成了一套完整的物种起源理论。1842年6月，他在伦敦住所写了一篇35页的物种起源理论摘要。1844年，他在多恩的研究中将这个摘要扩展成230页的大纲。
这个轮廓是达尔文的财富。他觉得现在公布大纲还为时过早。证据还不够充分，还有许多难题没有解决，大量计划中的测试还没有完成。总之，他觉得他的刀和剑不够锋利，必须做大量的准备来对付宗教阵营的攻击。他继续阅读各种书籍，做各种实验，收集进化的事实，以便磨利战斗的武器。他不仅研究了家鸽的起源，还研究了诸如狗、猪、马和牛等家畜的起源，谷物、小麦和花卉的起源，以及各种野生动植物的起源。
植物进化(网络图)
为了解决一些无法用自然选择理论解释的难题，达尔文继续进行各种奇异的实验，并努力收集各种事实。有一个难题与他解释加拉帕戈斯群岛独特生物物种起源的理论有关。加拉帕戈斯群岛距离南美洲大陆1000多公里。根据达尔文的理论，岛上独特的生物物种来自南美大陆，在那里它们通过自然选择改变并形成了新的物种。"但是谁把这些植物种子从南美洲带到远离大陆的孤岛上？"这个难题打破了达尔文的大脑。
他的好朋友胡克来拜访了。达尔文带着他的女儿安妮和他的朋友在书房外的树林里散步。达尔文想起了这个困扰他很多天的难题，并对他的朋友说:“亲爱的胡克，我认为这个难题可以用这种方式来解释。大陆上的植物种子可以随着洋流漂浮到岛上。据说来自墨西哥湾的水流一天可以流50到60公里。按照这个速度，在半个月内，南美大陆的种子可能会随着水流流向加拉帕戈斯群岛。你觉得这个解释怎么样？”
胡克是植物学家。达尔文经常向他的朋友询问植物学。胡克听了达尔文的解释，表达了他的专家意见:“这是不可能的。种子在盐水中浸泡超过10天肯定会膨胀和腐烂。这颗种子还能发芽吗？退一万步说，即使这不成问题，种子也必须在漂流时沉入海底。”
达尔文那天晚上失眠了。直到清晨，他才迷迷糊糊地睡着了。昏暗的灯光下，他似乎看到一条鱼在他的鱼缸里游来游去，大口大口地吃着他不幸的种子。这时，一只白鹭飞过，吃了鱼，飞到数百英里外的一个岛上。看，白鹭吐出嘴里的鱼。这条鱼还活着，在地上踢来踢去。唉，鱼吐出了它吃的恶心的腐烂的种子。种子在岛上发芽了。我明白了！是鱼吃了草的种子，鸟又吃了鱼，鸟飞到岛上，排泄未消化的种子，把物种从大陆带到岛上。
达尔文雕像(网络图)
为了证明他的梦想，达尔文解剖了一条鱼，取出了它的内脏。他把鱼肠的内容放在显微镜下观察。哦，不出所料，鱼肠里有许多水生植物的种子。有多少鱼喜欢吃水生植物的种子！他从鱼缸里抓了另一条鱼，往它嘴里塞了些玉米。然后他把鱼喂给一只鹳。他收集了鹳的粪便，发现玉米被完整地排泄了出来。他把这两只动物的玉米放在饼干盒里进行发芽试验。几天后，玉米发芽了，实验成功了。植物种子从大陆传到岛上有合理的解释。
二十年过去了，年轻英俊的达尔文，由于努力工作和严重的疾病，还没有变老。他的头几乎完全秃了，只留下一绺深棕色的头发。他宽阔的前额有深深的皱纹。他弓着背走路。高大魁梧的达尔文变成了一个摇摇晃晃的老人。
在过去的20年里，达尔文不仅研究了伤害他大脑的棘手问题，还发现了100代以前各种动物和植物的样子，100万代以前它们的样子，以及自然物种是如何通过自然选择的作用而形成并发展到现在的状态。通过对各种动物胚胎的比较研究和对各种动物骨骼结构和器官结构的比较研究，他清楚地看到了100代以前和100万代以前的哺乳动物、鸟类和鱼类的样子。结果令人震惊。他发现自然界中的各种物种都起源于几个远古的祖先。