雌性通常有两条X染色体，这意味着它们只能将X染色体传给后代。男性有x染色体和y染色体。这使得它们可以将X染色体或Y染色体传给后代，并决定它们的性别。因此，女性X染色体分别来自父母，而男性X染色体只能来自母亲，Y染色体来自父亲。许多其他动物，不管是人还是猫，都遵循这个规则。
猫的X染色体决定了它的大部分皮毛颜色(白色是一个潜在的例外)。男性只能从他的母亲那里获得X染色体，所以这个X染色体决定了他的皮毛的颜色。但是女性的X染色体来自双亲。由于每个细胞只需要一条X染色体来控制皮毛颜色的表达，在早期女性胚胎的发育过程中，两条X染色体中的一条注定会失活，失活的X染色体浓缩成染色较深的染色质体，即巴尔体。
问题是猫体内失活的X染色体不会在每个细胞中都失活。一个细胞可能关闭母亲的X染色体，离开父亲的X染色体。然后细胞分裂成更多的细胞，每个细胞都使用父亲的X染色体来决定皮毛的颜色。类似地，另一个细胞可能使父亲的X染色体失活，而使用母亲的X染色体。
因此，如果一个雌性后代接受了其父母控制黑色皮毛表达的染色体，她将拥有黑色皮毛。同样的过程发生在三色猫身上。只是三色猫的后代接受由父母控制的黑色皮毛和橙色皮毛的染色体。使控制黑色皮毛表达的染色体失活的细胞将导致猫长出橙色皮毛，而使控制橙色皮毛表达的染色体失活的细胞将导致猫长出黑色皮毛。在这两种情况下，已经失活的染色体将永久失活。这两种颜色与猫的原始颜色(白色，由常染色体控制，与X\Y染色体无关)结合在一起，在皮毛上形成橙色和黑色斑点。如果猫只有这两种颜色，那么它被称为玳瑁猫。
所以，如果一只猫需要两条X染色体才能变成三色猫，那么为什么会有一只雄性三色猫呢？如果一只雄性猫有三色皮毛，这意味着它遗传了一条X染色体，使其基因XXY。在人类世界中，这种疾病被称为克氏综合症，这种疾病在世界上每1000个出生的男婴中就有2例发生，一些患者自己对此并不太了解。像猫一样，人类有两条X染色体，但它们通常被认为是雄性。额外的X染色体不仅会给病人带来潜在的健康问题，还会使三色猫不育。
在极其罕见的情况下，三色雄猫可以生育(每1000只三色雄猫中只有一只)。生下雄性三色猫的概率并不比普通猫高，因为它通常把Y染色体传给雄性后代。有鉴于此，虽然有三色的雄性猫，但它们通常不用于繁殖。毕竟，即使它们不如普通的雄性猫精力充沛，也没有什么好处。