北京大学陆健团队和中国科学院上海巴斯德研究所崔杰团队在《国家科学评论》上发表的论文在引起公众关注的同时，也遇到了学术争议，一些学者要求撤回该论文的手稿。

资料来源:gemmlearning.com

编译珍婷詹姆斯。魏

编辑齐一引用了詹姆斯的话。魏

上周，北京大学陆健团队和中国科学院上海巴斯德研究所崔杰团队在《国家科学评论》上发表的论文在引起公众关注的同时，也引发了学术争议，一些学者要求撤回论文手稿。

本文分析了103个新冠状病毒的基因组，指出在它们的遗传序列中有两个单核苷酸突变位点8782和28144，可用于将新冠状病毒分为两个亚型，即L型和S型。由于70%的测序基因组样本属于晚期L型，作者认为新冠状病毒已进化成一种更具攻击性和传播速度更快的类型。(详情:中国学者:新皇冠病毒已进化成两种不同传染性的亚型)

这项研究发表后，学术界收到了许多反对意见。爱丁堡大学的分子进化生物学家安德鲁·兰鲍特告诉《科学》，“他们发现的一个病毒分支的生长可能是偶然的。”然而，来自格拉斯哥大学的四名研究人员直接在www.virological.org网站上发表文章称“论文的结论是没有根据的”，并要求作者撤回手稿。

格拉斯哥大学的研究人员在质疑文章中指出，单一的非同义突变不能作为评估病毒功能重要性的标准，因此不能用来定义病毒的亚型。截至3月2日，在Cov-GLUE数据库中已鉴定出111个非同义突变。然而，没有证据证明这111个突变对宿主感染或传播率等功能指标有显著影响。

他们还指出，大多数病毒样本中特定突变的存在并不意味着这些携带突变的病毒一定具有更高的传播能力。作者在没有进一步的假设验证和传播速率估计的情况下直接给出这样的结论是不正确和不负责任的。此外，在病毒爆发的过程中，人与人之间的传播过程是一个随机事件，每个传染源的实际传播效果高低不一。这种小规模的流行病学现象将导致不同的突变类型在流行病中以不同的频率出现。此外，研究样本来自暴发的早期阶段，确定L和S类型的8782和28144突变可能是随机遗传漂变。作者观察到样本基因组中70%的L型和30%的S型也可能是随机结果。

此外，格拉斯哥大学的研究人员还认为，在新冠状病毒爆发期间选择性抑制非同义突变的结论是有问题的。由于该论文发表后受到媒体的广泛关注，至少有35篇文章或报道提到了论文的主要结论。格拉斯哥大学团队认为这将误导公众并引起恐慌，并直接表示“这篇论文应该撤回”。

目前，该论文的通讯作者之一、北京大学生命科学学院的研究员陆健已经对此做出了回应。他首先表示，发表该论文的《国家科学评论》(National Science Review)杂志将邀请专家对这场学术辩论发表评论，并指出争议双方已同意通过该杂志进行全面沟通。陆健认为格拉斯哥大学的学者误解了这项研究，并对病毒突变及其功能意义、L型和S型的分布差异以及突变进化的计算等问题作了简要回答。他说，更具体的回应和完整的讨论将通过国家科学评论进行。

争议从未停止。

这并不是该流行病中第一次因对病毒突变的不同理解而引发争议。据《科学》杂志报道，德国病毒学家克里斯蒂安·德罗斯滕也遇到过类似的情况。此前，他从一名在意大利感染了冠状肺炎的患者身上分离出病毒，并对其进行了测序。他发现其基因组序列与一个多月前从德国慕尼黑一名患者身上分离出的病毒非常相似。两者都有三种在中国早期爆发的病毒序列中没有的突变。他意识到这一现象可能会使人们认为意大利的疫情是由慕尼黑的病人传播的。然而，流行病学调查结果表明，这一推断是不成立的——也有可能是携带这三种突变的病毒株从中国独立传播到意大利和德国。

德罗斯滕公开指出，这项研究可能会被误解，但他的声音没有被认真对待。几天后，美国学者特雷弗·贝德福德(Trevor Bedford)将上述数据作为证据，并在推特上直接宣称，病毒在德国慕尼黑的传播没有得到遏制，导致了意大利的疫情爆发。他的推特被广泛传播，一些媒体声称“慕尼黑疫情可能引发了欧洲疫情的爆发”。随后，网民要求德国道歉。直到后来，一些专家指出贝德福德基于系统学的结论过于草率。贝德福德自己也承认在这些数据中有可能得出另一个结论，并承认他在社交媒体上说话时应该更加谨慎。

很难得出结论。

然而，对病毒测序结果的分析并没有带来所有导致混乱的“自己的目标”。贝德福德利用从美国华盛顿州分离的前两个菌株的序列来判断这两个菌株之间的高度相关性。传播途径可能非常接近，并成功预测了该地区疫情的爆发。

然而，利用新冠状病毒的现有基因组序列数据来判断传播途径或病毒进化仍然是困难的。部分原因是目前可用的基因组序列只是全球100，000多个病例中的一小部分。尽管来自中国的病例占所有新诊断病例的80%，但已公布的基因组序列中只有三分之一来自中国，而且绝大多数是早期病例，关于随后病例的基因组序列的报告很少。此前，科学网曾报道并分析了这种情况的原因，指出这可能是1月21日复旦大学张永珍教授的团队公开发布病毒基因组序列后，其他科研团队抢先利用这些数据发表文章造成的“不良后果”。

此外，中国的大部分样本来自疫情的早期，大多数病毒的基因组序列仍然非常相似，因此很难得出结论。巴塞尔大学的计算生物学家理查德·内赫说:“目前我们只有几个突变，很难对病毒进行清楚的分类。随着疫情的发展，我们希望看到更多的基因多样性和更独立的家系，这可以让事情变得更清楚。”

Drosten认为大多数基因组序列的改变不会改变病毒的行为。确认病毒基因突变是否具有实质性影响的唯一方法是在细胞培养或动物模型中进行研究，例如，证明突变的病毒能够进入细胞或更容易传播。此外，如果病毒确实发生了重大变异，影响可能是双向的——其风险可能会增加或减少。在2018年发表的一篇论文中，他的研究小组发现，在2002-2003年严重急性呼吸综合征(非典)爆发之初，病毒失去了其基因组的一个片段，即一个基因中的29个核苷酸。在实验室中重新编辑和添加这些核苷酸可以使病毒在各种细胞培养模型中具有更强的复制能力。

回到陆健和他的同事们所面临的学术争论，也许只有和同事们进行透明而深入的讨论，我们才能看到更清晰的判断和结果。

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